Lancement de l'Enterprise-B et disparition de Kirk

Plus tard en 2293, l'USS Enterprise NCC-1701-B, de classe Excelsior, commandé par le capitaine John Harriman, quitte la station spatiale pour une courte croisière inaugurale avec la presse et trois invités de marque : James T. Kirk, désormais retraité, Montgomery Scott et Pavel Chekov. Le vaisseau n'est pas achevé : il lui manque des équipements essentiels et une bonne partie de son équipage.

Peu après le départ, l'Enterprise répond à l'appel de détresse de deux transports de réfugiés el-auriens, pris dans un puissant ruban d'énergie, plus tard appelé le Nexus. Les deux vaisseaux sont détruits et une partie seulement des réfugiés peut être téléportée à bord ; parmi les survivants figurent Guinan et le scientifique Tolian Soran. Lorsque le ruban happe à son tour l'Enterprise, Kirk se rend dans la salle de contrôle du déflecteur pour libérer le vaisseau, et une décharge d'énergie éventre la section où il se trouve.

Kirk est déclaré mort, son corps n'ayant jamais été retrouvé. En réalité, il a été entraîné dans le Nexus, un domaine extradimensionnel où le temps n'a plus de sens. L'épreuve marque aussi Soran, dont l'obsession de retourner dans le Nexus menacera des millions de vies soixante-dix-huit ans plus tard.