联邦与克林贡战争（2256–2257）

2256年的双星之战揭开了联邦与克林贡帝国之间第一场全面战争的序幕。受殉道的特库瓦玛感召，许多大家族拥护他抵制联邦影响的主张，而克林贡的隐形技术更让他们占据了危险的优势。

由加布里埃尔·洛卡舰长指挥的USS发现号凭借实验性的孢子驱动器——它能在太空中近乎瞬间地跳跃——成为星际舰队的关键力量之一。获释出狱、在舰上服役的迈克尔·伯纳姆在帕沃星协助破解了克林贡的隐形装置。然而，当发现号在镜像宇宙中被困数月时，克林贡人乘势推进，攻占了联邦领土，逼近地球。

走投无路的星际舰队批准了一项摧毁克林贡母星克罗诺斯的计划，并派镜像宇宙的菲利帕·乔治乌去执行。伯纳姆拒绝接受种族灭绝，转而将这一装置交给了克林贡人勒雷尔。勒雷尔借助这一装置所构成的威胁，将各大家族统一在自己的领导之下，于2257年结束了战争。这场冲突夺去了许多生命，在两大势力的关系上留下了深刻的烙印，双方关系在此后数十年间一直十分紧张。