克劳尔袭击约克城

2263年，在五年任务的第三年，凯尔文时间线的进取号停靠在联邦新建的巨型星舰基地约克城。一个陌生人的求助将飞船引入一片未经勘测的星云，在那里，军阀克劳尔指挥的一大群小型舰船将它撕成了碎片。幸存的船员或被俘虏，或散落在阿尔塔米德星各处。

克劳尔想要进取号所携带的阿布罗纳斯——一种古老生化武器的组件。在拾荒者杰拉的帮助下——她以失踪已久的USS富兰克林号的残骸为家——柯克的军官们重新集结，救出了被俘的同伴，并让这艘旧飞船重新起飞。他们得知，克劳尔其实就是富兰克林号的前任舰长巴尔萨泽·埃迪森，他在一个世纪前遭到遗弃，从此憎恨联邦。

克劳尔的蜂群舰攻击约克城，但富兰克林号的船员通过在其通讯网络中播放震耳欲聋的音乐瓦解了蜂群。柯克追击克劳尔进入星舰基地，在武器释放之前将他和武器一起抛入太空。星际舰队随后开始建造一艘新的进取号NCC-1701-A，让船员们继续他们的任务。