L'attaque de Krall contre la base Yorktown

En 2263, durant la troisième année de sa mission de cinq ans, l'Enterprise de la chronologie Kelvin fait escale à Yorktown, une immense base stellaire récemment construite par la Fédération. L'appel à l'aide d'une inconnue entraîne le vaisseau dans une nébuleuse inexplorée, où un essaim de petits vaisseaux commandé par le chef de guerre Krall le met en pièces. Les survivants sont capturés ou dispersés à la surface de la planète Altamid.

Krall convoite l'Abronath, fragment d'une ancienne arme biologique transporté par l'Enterprise. Avec l'aide de Jaylah, une récupératrice installée dans l'épave de l'USS Franklin disparu depuis longtemps, les officiers de Kirk se regroupent, libèrent leurs camarades et remettent en marche le vieux vaisseau. Ils découvrent que Krall n'est autre que Balthazar Edison, ancien capitaine du Franklin, abandonné un siècle plus tôt et devenu ennemi de la Fédération.

L'essaim de Krall s'abat sur Yorktown, mais l'équipage du Franklin le désorganise en diffusant de la musique à plein volume sur son réseau de communication. Kirk poursuit Krall dans la base et l'éjecte dans l'espace avec son arme avant qu'elle ne soit libérée. Starfleet entreprend ensuite la construction d'un nouvel Enterprise, le NCC-1701-A, pour que l'équipage poursuive sa mission.