L'attaque de Khan et la chute du Vengeance

Dans la chronologie Kelvin, la Section 31 de Starfleet a réveillé Khan Noonien Singh, tyran génétiquement modifié du XXe siècle, et l'a contraint à concevoir des armes sous le nom de John Harrison. L'amiral Alexander Marcus tient l'équipage de Khan, toujours en cryogénie, comme moyen de pression. En 2259, Khan riposte : il fait exploser une installation secrète de la Section 31 à Londres, puis attaque une réunion d'urgence d'officiers supérieurs au quartier général de Starfleet, où Christopher Pike est tué.

Khan se réfugie sur Qo'noS, la planète mère des Klingons. Marcus envoie Kirk et l'Enterprise à sa poursuite avec des torpilles expérimentales, en espérant secrètement déclencher une guerre contre les Klingons ; les torpilles renferment en fait les fidèles endormis de Khan. Après une alliance fragile contre Marcus et son cuirassé, l'USS Vengeance, Khan s'empare du vaisseau et met l'Enterprise hors de combat.

Kirk se sacrifie pour remettre en état le réacteur de distorsion, et Khan précipite le Vengeance sur San Francisco, causant d'importants dégâts. Spock le capture, et le sang génétiquement amélioré de Khan permet de ramener Kirk à la vie. Khan est replacé en cryogénie, et un an plus tard l'Enterprise part pour sa mission de cinq ans.