ख़ान का हमला और Vengeance का पतन

केल्विन टाइमलाइन में स्टारफ़्लीट के सेक्शन 31 ने 20वीं सदी के आनुवंशिक रूप से निर्मित तानाशाह ख़ान नूनियन सिंह को फिर जगाया और उसे जॉन हैरिसन के छद्म नाम से हथियार डिज़ाइन करने पर मजबूर किया। एडमिरल अलेक्ज़ेंडर मार्कस ने ख़ान के क्रू को, जो अब भी क्रायो-निद्रा में था, दबाव के साधन के रूप में अपने पास रखा। 2259 में ख़ान ने पलटवार किया, लंदन में सेक्शन 31 के एक गुप्त ठिकाने पर बम से हमला किया और फिर स्टारफ़्लीट मुख्यालय में वरिष्ठ अधिकारियों की एक आपात बैठक पर हमला किया, जिसमें क्रिस्टोफ़र पाइक मारे गए।

ख़ान भागकर क्लिंगन गृहग्रह क्रोनोस चला गया। मार्कस ने प्रायोगिक टॉरपीडो के साथ कर्क और Enterprise को उसके पीछे भेजा, इस गुप्त उम्मीद में कि क्लिंगनों के साथ युद्ध भड़क उठे; असल में उन टॉरपीडो में ख़ान के सोए हुए अनुयायी थे। मार्कस और उसके विशाल युद्धपोत USS Vengeance के ख़िलाफ़ एक असहज गठबंधन के बाद ख़ान ने युद्धपोत पर क़ब्ज़ा कर लिया और Enterprise को पंगु कर दिया।

कर्क ने Enterprise के वार्प कोर को बहाल करने के लिए अपनी जान दे दी, और ख़ान ने Vengeance को सैन फ़्रांसिस्को पर गिरा दिया, जिससे भारी तबाही हुई। स्पॉक ने उसे पकड़ लिया, और ख़ान के आनुवंशिक रूप से संवर्धित रक्त का इस्तेमाल कर्क को फिर जीवित करने के लिए किया गया। ख़ान को वापस क्रायो-निद्रा में डाल दिया गया, और एक साल बाद Enterprise अपने पाँच वर्षीय मिशन पर रवाना हुआ।