L'attacco di Khan e la caduta della Vengeance

Nella linea temporale Kelvin, la Sezione 31 della Flotta Stellare risvegliò Khan Noonien Singh, un tiranno geneticamente modificato del XX secolo, e lo costrinse a progettare armi sotto lo pseudonimo di John Harrison. L'ammiraglio Alexander Marcus teneva in ostaggio l'equipaggio di Khan, ancora in criosonno, come mezzo di pressione. Nel 2259 Khan contrattaccò, facendo esplodere una struttura segreta della Sezione 31 a Londra e poi attaccando una riunione d'emergenza di alti ufficiali al Quartier Generale della Flotta Stellare, dove Christopher Pike fu ucciso.

Khan fuggì sul pianeta natale klingon, Qo'noS. Marcus mandò Kirk e l'Enterprise a inseguirlo con siluri sperimentali, sperando segretamente di provocare una guerra con i klingon; i siluri contenevano in realtà i seguaci addormentati di Khan. Dopo un'inquieta alleanza contro Marcus e la sua corazzata, la USS Vengeance, Khan si impadronì della nave da guerra e mise fuori uso l'Enterprise.

Kirk sacrificò la propria vita per ripristinare il nucleo di curvatura dell'Enterprise, e Khan fece schiantare la Vengeance su San Francisco, causando ingenti distruzioni. Spock lo catturò, e il sangue geneticamente potenziato di Khan fu usato per riportare in vita Kirk. Khan fu rimesso in criosonno e, un anno dopo, l'Enterprise partì per la sua missione quinquennale.