O ataque de Khan e a queda da Vengeance

Na linha do tempo Kelvin, a Seção 31 da Frota Estelar reanimou Khan Noonien Singh, um tirano geneticamente modificado do século 20, e o obrigou a projetar armas sob o pseudônimo de John Harrison. O almirante Alexander Marcus mantinha a tripulação de Khan, ainda em criossono, como instrumento de pressão. Em 2259, Khan contra-atacou, bombardeando uma instalação secreta da Seção 31 em Londres e depois atacando uma reunião de emergência de oficiais superiores no Quartel-General da Frota Estelar, onde Christopher Pike foi morto.

Khan fugiu para o mundo natal klingon, Qo'noS. Marcus enviou Kirk e a Enterprise em seu encalço com torpedos experimentais, esperando secretamente provocar uma guerra com os klingons; na verdade, os torpedos continham os seguidores adormecidos de Khan. Depois de uma aliança tensa contra Marcus e seu encouraçado, a USS Vengeance, Khan tomou a nave de guerra e deixou a Enterprise avariada.

Kirk deu a vida para restaurar o núcleo de dobra da Enterprise, e Khan lançou a Vengeance sobre São Francisco, causando grande destruição. Spock o capturou, e o sangue geneticamente aprimorado de Khan foi usado para reanimar Kirk. Khan foi devolvido ao criossono, e um ano depois a Enterprise partiu em sua missão de cinco anos.