El ataque de Khan y la caída de la Vengeance

En la línea temporal Kelvin, la Sección 31 de la Flota Estelar reanimó a Khan Noonien Singh, un tirano del siglo XX creado por ingeniería genética, y lo obligó a diseñar armas bajo el alias de John Harrison. El almirante Alexander Marcus retenía como moneda de cambio a la tripulación de Khan, aún en criosueño. En 2259, Khan contraatacó: hizo estallar unas instalaciones secretas de la Sección 31 en Londres y luego atacó una reunión de emergencia de altos oficiales en el Cuartel General de la Flota Estelar, donde murió Christopher Pike.

Khan huyó a Qo'noS, el mundo natal klingon. Marcus envió a Kirk y a la Enterprise tras él con torpedos experimentales, con la esperanza secreta de provocar una guerra con los klingon; en realidad, los torpedos contenían a los seguidores dormidos de Khan. Tras una alianza precaria contra Marcus y su acorazado, el USS Vengeance, Khan se apoderó de la nave de guerra y dejó inutilizada la Enterprise.

Kirk dio su vida para restablecer el núcleo de curvatura de la Enterprise, y Khan estrelló la Vengeance contra San Francisco, causando una enorme destrucción. Spock lo capturó, y la sangre genéticamente mejorada de Khan se utilizó para resucitar a Kirk. Khan volvió al criosueño, y un año después la Enterprise partió en su misión de cinco años.