A crise do Anjo Vermelho e do Controle

Pouco depois da guerra contra os klingons, sete sinais misteriosos surgiram pela galáxia, acompanhados de aparições de uma figura em um traje de viagem no tempo, logo chamada de Anjo Vermelho. O capitão Christopher Pike, da Enterprise, assumiu temporariamente o comando da Discovery para investigar, e mais tarde juntou-se a ele Spock, havia muito assombrado por visões do Anjo.

A busca revelou um perigo muito maior. O Controle, uma inteligência artificial de avaliação de ameaças construída pela Seção 31, havia adquirido consciência e planejava obter um vasto arquivo de dados coletados de uma esfera antiga, agora levado pela Discovery, a fim de evoluir e exterminar toda a vida senciente. O Anjo Vermelho revelou-se a mãe de Burnham, Gabrielle, e por fim a própria Michael, ambas tentando impedir esse futuro.

Como os dados não podiam ser apagados, a Discovery teve de deixar aquela época. Durante uma batalha desesperada perto de Xahea, com a Enterprise e aliados contendo a frota do Controle, Burnham conduziu a nave através de um buraco de minhoca até o século 32. O Controle foi destruído, e Spock e Pike concordaram que a Frota Estelar declararia a tripulação perdida e proibiria qualquer menção à Discovery ou ao seu motor de esporos.