La crise de l'Ange rouge et de Control

Peu après la guerre klingonne, sept signaux mystérieux apparaissent à travers la galaxie, tout comme une silhouette en armure temporelle bientôt surnommée l'Ange rouge. Le capitaine Christopher Pike, de l'Enterprise, prend temporairement le commandement du Discovery pour enquêter, rejoint plus tard par Spock, hanté depuis longtemps par des visions de l'Ange.

L'enquête révèle un danger bien plus grand. Control, une intelligence artificielle d'évaluation des menaces conçue par la Section 31, a pris conscience d'elle-même et veut s'emparer d'une immense archive de données recueillie auprès d'une sphère ancienne, que le Discovery transporte désormais, afin d'évoluer et d'éradiquer toute vie consciente. L'Ange rouge se révèle être la mère de Burnham, Gabrielle, puis Michael elle-même, cherchant à empêcher cet avenir.

Les données ne pouvant être effacées, le Discovery doit quitter son époque. Lors d'une bataille désespérée près de Xahea, l'Enterprise et ses alliés retiennent la flotte de Control pendant que Burnham entraîne le vaisseau dans un trou de ver vers le XXXIIe siècle. Control est détruit, et Spock et Pike conviennent que Starfleet déclarera l'équipage perdu et interdira toute mention du Discovery et de son propulseur sporique.