Fin de l'occupation et découverte du vortex bajoran

En 2369, les Cardassiens mettent fin à leur occupation de Bajor et dépouillent la station orbitale Terok Nor avant de partir. À la demande du gouvernement provisoire bajoran, la Fédération prend en charge la station, rebaptisée Deep Space 9, sous le commandement du commandant Benjamin Sisko, secondé par Kira Nerys, ancienne de la résistance bajorane.

La kai Opaka, guide spirituelle de Bajor, confie à Sisko l'un des Orbes sacrés. En suivant ses indices, Sisko et le lieutenant Jadzia Dax découvrent dans la ceinture de Denorios le premier vortex stable connu, un passage menant à quelque soixante-dix mille années-lumière, dans le quadrant Gamma. Il abrite des êtres non linéaires que les Bajorans vénèrent sous le nom de Prophètes ; Sisko, qui leur fait découvrir le temps linéaire, est reconnu comme leur Émissaire.

Deep Space 9 est déplacée à l'entrée du vortex pour affirmer les droits de Bajor sur celui-ci, et une tentative cardassienne de s'en emparer échoue, la station tenant bon jusqu'au retour de Sisko. Bajor devient du jour au lendemain un carrefour stratégique pour le commerce, l'exploration et, plus tard, le contact avec le Dominion.