La distruzione dell'Enterprise e il ritorno di Spock

Dopo la battaglia con Khan, l'Enterprise danneggiata tornò sulla Terra, dove la Flotta Stellare ne ordinò la dismissione e dichiarò il pianeta Genesis zona interdetta. Sarek rivelò allora che Spock, prima di morire, aveva depositato il suo katra, il suo spirito vivente, nella mente di McCoy. Per salvarli entrambi, Kirk e i suoi ufficiali rubarono l'Enterprise e fecero rotta verso Genesis per recuperare il corpo di Spock.

Sul nuovo pianeta, David Marcus e Saavik, a bordo della nave scientifica Grissom, avevano trovato un bambino vulcaniano: il corpo di Spock, rigenerato da Genesis e in rapido invecchiamento insieme al pianeta instabile. David ammise di aver usato protomateria instabile nel dispositivo, condannando quel mondo. Un comandante klingon, Kruge, che voleva Genesis come arma, distrusse la Grissom e uccise David. Di fronte alla sconfitta, Kirk attivò l'autodistruzione dell'Enterprise, attirando a morte la squadra d'abbordaggio di Kruge, poi sconfisse Kruge mentre Genesis si disintegrava.

L'equipaggio di Kirk portò il Bird-of-Prey klingon su Vulcano, dove un antico rituale, il fal-tor-pan, riunì il katra di Spock al suo corpo. Spock tornò in sé, ma l'Enterprise non c'era più e Kirk e i suoi ufficiali dovevano ora rispondere delle loro azioni, il che portò agli eventi di The Voyage Home.