Destruction de l'Enterprise et retour de Spock

Après la bataille contre Khan, l'Enterprise endommagé rentre sur Terre, où Starfleet ordonne son désarmement et interdit l'accès à la planète Genesis. Sarek révèle alors que Spock, avant de mourir, a déposé son katra, son esprit vivant, dans l'esprit de McCoy. Pour les sauver tous deux, Kirk et ses officiers volent l'Enterprise et mettent le cap sur Genesis afin de récupérer le corps de Spock.

Sur la nouvelle planète, David Marcus et Saavik, à bord du vaisseau scientifique Grissom, ont découvert un enfant vulcain : le corps de Spock, régénéré par Genesis et vieillissant à grande vitesse au rythme de la planète instable. David avoue avoir utilisé de la protomatière instable dans le dispositif, condamnant ce monde. Un commandant klingon, Kruge, qui veut faire de Genesis une arme, détruit le Grissom et tue David. Acculé, Kirk enclenche l'autodestruction de l'Enterprise, piégeant l'équipe d'abordage klingonne, puis vient à bout de Kruge tandis que Genesis se désintègre.

L'équipage de Kirk gagne Vulcain à bord de l'Oiseau de proie klingon, où l'ancien rituel du fal-tor-pan réunit le katra de Spock à son corps. Spock est rendu à la vie, mais l'Enterprise n'est plus, et Kirk et ses officiers doivent répondre de leurs actes, ce qui mène aux événements de The Voyage Home.