进取号被毁与斯波克归来

与可汗一战之后，受损的进取号返回地球，星际舰队下令将其退役，并宣布创世星为禁区。随后沙瑞克揭示，斯波克在临终前已将他的卡特拉——他的生命精神——安放在麦科伊的脑海中。为了拯救两人，柯克和他的军官们偷走进取号，驶向创世星去寻回斯波克的遗体。

在这颗新星球上，乘坐科学舰格里森号的大卫·马库斯和萨维克发现了一个瓦肯孩子：那是被创世装置再生的斯波克的身体，正随着这颗不稳定的星球迅速衰老。大卫承认，他在装置中使用了不稳定的原型物质，注定了这个世界的毁灭。企图将创世装置当作武器的克林贡指挥官克鲁格摧毁了格里森号，并杀死了大卫。面临失败的柯克启动了进取号的自毁程序，诱使克鲁格的登舰小队葬身其中，随后在创世星分崩离析之际击败了克鲁格。

柯克的船员驾驶这艘克林贡猛禽战舰前往瓦肯星，一场古老的法托潘仪式让斯波克的卡特拉与身体重新结合。斯波克得以复原，但进取号已不复存在，柯克和他的军官们如今还要为自己的行为面对指控，由此引出了《星际迷航4：抢救未来》的情节。