创世计划、可汗的复仇与斯波克之死

2285年，USS信赖号正在寻找一颗没有生命的行星，以测试创世计划。这一装置由卡萝尔·马库斯博士和她的儿子大卫开发，能在几分钟内将一颗死寂的星球变成生机勃勃的世界。抵达他们以为是塞提阿尔法六号星的地方后，契科夫中校和特雷尔舰长发现了十五年前被放逐到塞提阿尔法五号星上的可汗·努尼恩·辛格。邻近行星的爆炸已将殖民地化为荒原，他的许多部下——包括他的妻子——都因此丧生。

可汗夺取了信赖号，盗走创世装置，誓要消灭柯克，而柯克此时已是将军，正在进取号上督导一次训练航行。一次突袭使进取号严重受损后，柯克在穆塔拉星云中智胜可汗，双方的舰船在那里几乎是盲目地交战。身受致命伤的可汗引爆了创世装置，企图与敌人同归于尽。

进取号只有恢复曲速引擎才能逃生。斯波克进入充满辐射的引擎室进行修复，以自己的生命为代价拯救了飞船。他的遗体被安葬在爆炸所创造的新创世星上，而柯克也得知大卫·马库斯是他的儿子。