Il Progetto Genesis, la vendetta di Khan e la morte di Spock

Nel 2285 la USS Reliant cercava un pianeta privo di vita su cui sperimentare il Progetto Genesis, un dispositivo sviluppato dalla dottoressa Carol Marcus e da suo figlio David capace di trasformare in pochi minuti un mondo morto in un mondo vivo. Giunti su quello che credevano fosse Ceti Alpha VI, il comandante Chekov e il capitano Terrell trovarono Khan Noonien Singh, abbandonato quindici anni prima su Ceti Alpha V. L'esplosione del pianeta vicino aveva trasformato la colonia in una terra desolata e ucciso molti dei suoi, tra cui sua moglie.

Khan si impadronì della Reliant, rubò Genesis e partì per distruggere Kirk, ormai ammiraglio e responsabile di una crociera di addestramento a bordo dell'Enterprise. Dopo che un attacco a sorpresa ebbe messo fuori uso l'Enterprise, Kirk superò in astuzia Khan nella Nebulosa Mutara, dove le loro navi si affrontarono quasi alla cieca. Ferito a morte, Khan attivò il dispositivo Genesis per trascinare con sé il suo nemico.

L'Enterprise poteva fuggire solo se la sua propulsione a curvatura fosse stata ripristinata. Spock entrò nella sala macchine invasa dalle radiazioni e la riparò, salvando la nave a costo della propria vita. Il suo corpo fu deposto sul nuovo pianeta Genesis creato dall'esplosione, e Kirk scoprì che David Marcus era suo figlio.