O projeto Gênesis, a vingança de Khan e a morte de Spock

Em 2285, a USS Reliant procurava um planeta sem vida para testar o projeto Gênesis, um dispositivo desenvolvido pela dra. Carol Marcus e seu filho David capaz de transformar um mundo morto em um mundo vivo em poucos minutos. Ao chegar ao que acreditavam ser Ceti Alpha VI, o comandante Chekov e o capitão Terrell encontraram Khan Noonien Singh, abandonado quinze anos antes em Ceti Alpha V. A explosão do planeta vizinho havia transformado a colônia em um deserto e matado muitos de seus companheiros, inclusive sua esposa.

Khan tomou a Reliant, roubou o Gênesis e partiu para destruir Kirk, então almirante e supervisor de um cruzeiro de treinamento a bordo da Enterprise. Depois que um ataque surpresa deixou a Enterprise avariada, Kirk superou Khan em astúcia na Nebulosa Mutara, onde as duas naves lutaram quase às cegas. Mortalmente ferido, Khan acionou o dispositivo Gênesis para levar seu inimigo consigo.

A Enterprise só poderia escapar se seu motor de dobra fosse restaurado. Spock entrou na sala de máquinas inundada de radiação e o consertou, salvando a nave à custa da própria vida. Seu corpo foi depositado no novo planeta Gênesis, criado pela explosão, e Kirk descobriu que David Marcus era seu filho.