जेनेसिस प्रोजेक्ट, ख़ान का प्रतिशोध और स्पॉक की मृत्यु

2285 में USS Reliant जेनेसिस प्रोजेक्ट के परीक्षण के लिए एक निर्जीव ग्रह की तलाश में था, डॉ. कैरल मार्कस और उनके बेटे डेविड द्वारा विकसित एक उपकरण जो किसी मृत ग्रह को मिनटों में जीवित ग्रह में बदल सकता था। जिसे वे सेटी अल्फ़ा VI समझ रहे थे, वहाँ पहुँचकर कमांडर चेकोव और कैप्टन टेरेल को ख़ान नूनियन सिंह मिला, जिसे पंद्रह साल पहले सेटी अल्फ़ा V पर छोड़ दिया गया था। पड़ोसी ग्रह के विस्फोट ने बस्ती को बंजर बना दिया था और उसके कई लोगों को, जिनमें उसकी पत्नी भी थी, मार डाला था।

ख़ान ने Reliant पर क़ब्ज़ा कर लिया, जेनेसिस चुरा लिया और कर्क को नष्ट करने निकल पड़ा, जो तब तक एडमिरल बन चुके थे और Enterprise पर एक प्रशिक्षण यात्रा की निगरानी कर रहे थे। एक अचानक हमले से Enterprise के क्षतिग्रस्त होने के बाद कर्क ने मुटारा नेब्युला में ख़ान को मात दी, जहाँ उनके जहाज़ आधे अंधे होकर लड़े। घातक रूप से घायल ख़ान ने अपने दुश्मन को साथ ले डूबने के लिए जेनेसिस डिवाइस चालू कर दिया।

Enterprise तभी बच सकता था जब उसकी वार्प ड्राइव बहाल हो जाती। स्पॉक विकिरण से भरे इंजन रूम में गए और उसकी मरम्मत की, अपनी जान की क़ीमत पर जहाज़ को बचाते हुए। उनके शरीर को विस्फोट से बने नए जेनेसिस ग्रह पर अंतिम विश्राम दिया गया, और कर्क को पता चला कि डेविड मार्कस उनका बेटा है।