V'Ger危机

约2273年，一团巨大的能量云进入联邦空间，沿途摧毁了三艘克林贡战舰和艾普西隆九号监测站。它正径直飞向地球。唯一在航程范围内的舰船是刚刚结束长期改装的进取号。詹姆斯·T·柯克将军从威拉德·德克舰长手中接过指挥权，德克留在舰上担任大副，而放弃了瓦肯科林纳哈修行的斯波克也重新加入了船员行列。

云团内部是一台自称V'Ger的巨大活体机器。它掳走了领航员伊莉娅，并送回一个与她外貌相同的探测器来研究船员。V'Ger正在寻找它的创造者，它认为地球上的碳基生命不值一提，准备将其毁灭。船员们发现，它的核心是旅行者6号——一个20世纪美国国家航空航天局的探测器，它曾经失踪，后来被一个机械种族改造成一个具有自我意识的庞大实体。

V'Ger寻求与它的创造者结合，以实现进一步的进化。德克自愿与它以及伊莉娅探测器融合，他们一同消失，进入了一种新的存在形态。地球得救了，而这场危机也标志着柯克和他的船员乘坐改装后的进取号重返现役。