Khans Erweckung auf der Botany Bay

2267 stieß die Enterprise auf die SS Botany Bay, ein altes Schläferschiff der Erde aus dem späten 20. Jahrhundert, das im All trieb. An Bord lagen etwa siebzig Menschen in künstlichem Tiefschlaf. Ihr Anführer, der als Erster wiederbelebt wurde, stellte sich schlicht als Khan vor, wurde aber bald als Khan Noonien Singh identifiziert, ein genetisch erschaffener Übermensch, der während der Eugenischen Kriege einst einen großen Teil der Erde beherrscht hatte, bevor er ins All floh.

Charismatisch und skrupellos, gewann Khan die Historikerin des Schiffes, Lieutenant Marla McGivers, für sich, erweckte seine Anhänger und brachte die Enterprise in seine Gewalt, wobei er drohte, Kirk zu töten, sollte die Crew nicht gehorchen. Mit McGivers' Hilfe in letzter Minute gewann Kirk sein Schiff zurück und überwältigte Khan.

Statt sie einzusperren, verbannte Kirk Khan und seine Leute auf die ungezähmte Welt Ceti Alpha V, wohin McGivers ihm zu folgen beschloss. Die Entscheidung hatte schwerwiegende Folgen: Einige Monate später explodierte ein benachbarter Planet und verwüstete die Kolonie, und als Khan 2285 wiedergefunden wurde, gab er Kirk die Schuld am Tod vieler seiner Anhänger, was die Bühne für The Wrath of Khan bereitete.