Le réveil de Khan à bord du Botany Bay

En 2267, l'Enterprise découvre à la dérive le SS Botany Bay, un vieux vaisseau dormitoire terrien de la fin du XXe siècle. À bord, environ soixante-dix personnes sont plongées en animation suspendue. Leur chef, réveillé le premier, se présente simplement comme Khan, mais il est vite identifié : Khan Noonien Singh, surhomme génétiquement modifié qui a gouverné une vaste partie de la Terre pendant les guerres eugéniques avant de fuir dans l'espace.

Charismatique et impitoyable, Khan séduit l'historienne du vaisseau, le lieutenant Marla McGivers, réveille ses partisans et prend le contrôle de l'Enterprise, menaçant de tuer Kirk si l'équipage ne se soumet pas. Grâce à l'aide de McGivers au dernier moment, Kirk reprend son vaisseau et maîtrise Khan.

Plutôt que de les emprisonner, Kirk exile Khan et les siens sur Ceti Alpha V, monde encore sauvage, où McGivers choisit de le suivre. La décision a de lourdes conséquences : quelques mois plus tard, une planète voisine explose et dévaste la colonie, et lorsque Khan est retrouvé en 2285, il tient Kirk pour responsable de la mort de nombreux siens, ouvrant la voie à The Wrath of Khan.