Il risveglio di Khan dalla Botany Bay

Nel 2267 l'Enterprise si imbatté nella SS Botany Bay, una vecchia nave dormitorio terrestre della fine del XX secolo, alla deriva nello spazio. A bordo, una settantina di persone giacevano in animazione sospesa. Il loro capo, risvegliato per primo, si presentò semplicemente come Khan, ma fu presto identificato come Khan Noonien Singh, un superuomo geneticamente modificato che aveva un tempo governato una vasta parte della Terra durante le Guerre Eugenetiche prima di fuggire nello spazio.

Carismatico e spietato, Khan conquistò la storica della nave, il tenente Marla McGivers, risvegliò i suoi seguaci e prese il controllo dell'Enterprise, minacciando di uccidere Kirk se l'equipaggio non avesse obbedito. Con l'aiuto dell'ultimo minuto di McGivers, Kirk riprese la sua nave e sopraffece Khan.

Anziché imprigionarli, Kirk esiliò Khan e la sua gente sul mondo selvaggio di Ceti Alpha V, dove McGivers scelse di seguirlo. La decisione ebbe gravi conseguenze: alcuni mesi dopo un pianeta vicino esplose, devastando la colonia, e quando Khan fu ritrovato nel 2285 accusò Kirk della morte di molti dei suoi seguaci, preparando il terreno per The Wrath of Khan.