Khan despertado da Botany Bay

Em 2267, a Enterprise encontrou a SS Botany Bay, uma antiga nave-dormitório da Terra do fim do século 20, à deriva no espaço. A bordo, cerca de setenta pessoas jaziam em animação suspensa. Seu líder, reanimado primeiro, apresentou-se simplesmente como Khan, mas logo foi identificado como Khan Noonien Singh, um super-humano geneticamente modificado que outrora governara uma vasta parte da Terra durante as Guerras Eugênicas antes de fugir para o espaço.

Carismático e implacável, Khan conquistou a historiadora da nave, a tenente Marla McGivers, reanimou seus seguidores e tomou o controle da Enterprise, ameaçando matar Kirk se a tripulação não obedecesse. Com a ajuda de última hora de McGivers, Kirk recuperou sua nave e dominou Khan.

Em vez de prendê-los, Kirk exilou Khan e seu povo no mundo selvagem de Ceti Alpha V, onde McGivers escolheu acompanhá-lo. A decisão teve consequências graves: alguns meses depois, um planeta vizinho explodiu, devastando a colônia, e quando Khan foi reencontrado em 2285, culpou Kirk pela morte de muitos de seus seguidores, preparando o terreno para The Wrath of Khan.