001区之战与回到2063年

2373年，一艘博格立方体单舰穿越联邦空间，朝地球驶去。由于曾被同化，让-吕克·皮卡德舰长奉命在罗慕伦中立区巡逻，但他违抗命令，率领新的USS进取号-E赶赴001区，那里的一支星际舰队舰队已经难以招架。借助他与集合体之间残存的联系，他找准了一个弱点，立方体随之被摧毁。

一艘较小的博格球体舰逃脱，并打开了一个通往2063年4月的时间漩涡，那正是泽弗拉姆·科克伦首次曲速飞行的前夕。进取号追随它回到过去，摧毁了球体舰，并着手修复受损的凤凰号，与此同时，传送上舰的博格无人机一层接一层地同化了飞船的甲板。皮卡德与博格女王正面交锋，后者企图将达塔拉入集合体。

达塔反戈一击，对付女王，科克伦的飞行如历史所要求的那样如期进行，一艘瓦肯飞船抵达，完成了第一次接触。进取号回到了自己的世纪，时间线得以恢复。