Bataille du secteur 001 et voyage en 2063

En 2373, un unique cube borg traverse l'espace de la Fédération en direction de la Terre. Tenu à l'écart et envoyé patrouiller la zone neutre romulienne en raison de son ancienne assimilation, le capitaine Jean-Luc Picard désobéit et conduit le nouvel USS Enterprise-E dans le secteur 001, où une flotte de Starfleet est déjà en difficulté. Grâce au lien qu'il conserve avec le Collectif, il désigne un point faible et le cube est détruit.

Une sphère borg plus petite s'échappe et ouvre un vortex temporel vers avril 2063, à la veille du premier vol en distorsion de Zefram Cochrane. L'Enterprise la suit dans le passé, la détruit et entreprend de réparer le Phoenix endommagé, tandis que des drones borgs montés à bord assimilent le vaisseau pont après pont. Picard affronte la reine borg, qui tente de rallier Data au Collectif.

Data se retourne contre la reine, le vol de Cochrane a lieu comme l'exige l'histoire et un vaisseau vulcain arrive pour le premier contact. L'Enterprise regagne son époque, la chronologie rétablie.